Esiste sempre la possibilita' di utilizzare una live di linux e cancellare tutto quello che ti pare senza toccare la partizione.
Oppure, un po' piu' laborioso, creare una seconda partizione riducendo la prima (es. con gparted), poi spostare i file che ti servono nella partizione nuova, cancellare e riformare la prima partizione. Cosi' dividi in due il disco per i dati dove in uno potresti mettere filmati, foto e tutti i file che non debbano essere modificati, mentre nell'altra i dati sovente aggiornabili e/o modificabili delle applicazioni.