Quelle due righe di codice sono inserite dal tema o da un plugin? Se sono inserite dal tema, cercale all'interno di tutti i file che compongono il tema così da trovare in quale file esattamente sono stampate e fare le opportune modifiche. Mi sembra l'approccio più intuitivo.

In ogni caso, all'interno del tema, probabilmente nel file functions.php, dovrebbe esserci una riga di codice di questo tipo

add_action( 'wp_footer', 'your_function' );

dove your_function è una funzione definita nel tema che stampa qualcosa laddove nel file footer.php viene richiamata la funzione wp_footer()