Posto così, il problema mi sembra un po' generico.
La frequenza dei backup è strettamente collegata all'uso che si fa del computer, e questo condiziona anche l'affidabilità dei backup stessi.
Io faccio un backup settimanale, preceduto da una scansione completa con l'antivirus, ma non faccio un uso professionale del PC e sono molto prudente nell'utilizzo.
Il backup è solo uno degli elementi della politica di sicurezza di un sistema: in ogni caso, ad ogni livello di utilizzo, è necessario un approccio "integrato" che prevede l'utilizzo corretto di tutti gli strumenti (antivirus, firewall, aggiornamenti, autorizzazioni, crittografia, ... fino al backup).
Con tutto questo, la fregatura è sempre in agguato nessuna politica di sicurezza è perfetta: per definizione.