Sei riuscito poi a leggere i dati Exif?

Pensa a questa situazione:
- fai la foto in verticale, ma viene registrata nell'Exif come orizzontale
- PHP legge i dati Exif, sa che è orizzontale e la ruota secondo questo dato, quindi usa un'immagine 1280x960 per la manipolazione
- Paint NON legge i dati Exif e ti mostra la foto così come gli arriva, 960x1280

Hai provato ad aprire la foto con programmi un po' più seri di Paint? Tipo Gimp? Come te la mostra?

Io continuerei sulla possibilità di un errore di registrazione della posizione.