Ma non puoi prevedere errori sul salvataggio delle immagini, per il motivo che ti ho spiegato prima, PHP non ha gli occhi, deve firarsi dei dati che ha a disposizione, se sono sbagliati non può farci niente.

Trova il modo di leggere gli exif delle foto "sbagliate" e così puoi sapere se effettivamente c'è l'errore, oppure aprile con un editor serio invece che con Paint, finché parliamo senza avere controprove, per me il problema è quello.