Premesso che Maven l'ho usato pochissimissimo, ma... se la tua situazione è questa:

Progetto -> dependency Libreria A
Libreria A -> dependency JAR1, JAR2, JAR3

Supponiamo che tu debba sostituire JAR3 con JAR3-B

Semplicemente crea una nuova libreria, chiamiamola Libreria B con le seguenti dependecies:

Libreria B -> dependency JAR1, JAR2, JAR3-B

e sostituisci la dependency del Progetto con Libreria B.


Ciao.