E' una cosa che si può fare tranquillamente, riprendendo l'esempio di Lele; se tu hai un dipendenza :
Libreria A -> dependency JAR1, JAR2, JAR3
e che tu voglia sostituire la dipendenza JAR3 allora nel tuo pom dovrai avere un cosa del genere
codice:

codice:
<dependency>
      <groupId>sample.ProjectA</groupId>
      <artifactId>LIBRERIA-A</artifactId>
      <version>1.0</version>
      <scope>compile</scope>
      <exclusions>
        <exclusion>  <!-- declare the exclusion here -->
          <groupId>sample.ProjectB</groupId>
          <artifactId>JAR3</artifactId>
        </exclusion>
      </exclusions> 
 </dependency>


Cioè in poche parole in questo modo dici a maven di escludere il JAR 3 dall'albero delle dipendenza di quella dipendenza (scusa il gioco di parole).
A questo punto non ti resta altro di aggiungere un'ulteriore dipendeza al tuo jar modificato e il gioco è fatto.

Ciao