è sbagliato il codice perchè l'id degli elementi deve essere univoco.
Prova così:

codice:
<%@ Page Language="VB" AutoEventWireup="false" CodeFile="a.aspx.vb" Inherits="prove_a" %>

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head runat="server">
    <title></title>
    <link href="../App_Themes/classico10/StyleSheet.css" rel="stylesheet" type="text/css" />

<script type="text/javascript">
// <![CDATA[

function Quanti(v)
{
    alert(checkbox_selezionati(document.getElementsByName("dipendenti")).length );
}


//---------------------------------------------------------------------------------
//restituisce gli elementi selezionati da un insieme di checkbox di dato name
//---------------------------------------------------------------------------------
function checkbox_selezionati(lista)
{
    var n = lista.length;
    var s = [];
    for(var i = 0; i < n; i++)
    {
        
        if(lista[i].checked)
        {
            s.push(lista[i]);
        }            

    }
    return s;
}


// ]]>
</script>
</head>
<body>
    <form id="form1" runat="server">
    <div>
        <h1>Prova</h1>
        <% For i = 1 To 10%>
            <input name="dipendenti" type="checkbox" id="dipendenti_<% =i %>"  value="<%=i%>" onclick="Quanti(this)" />

        <% Next%>
    </div>
    </form>
</body>
</html>