Come dicevo ti servono due vettori in cui tieni traccia delle posizioni che hai già considerato.
Prima confronti i numeri nella stessa posizione e marchi A quelli che risultano uguali, poi lavori solo nelle posizioni non marcate, per ogni numero del primo vettore vai a cercare un numero nel secondo con cui accoppiarlo, se lo trovi marchi B le due posizioni.
Alla fine le posizioni marcate A contengono numeri uguali in posizione uguale, quelle marcate B numeri uguali in posizione diversa, quelle non marcate numeri diversi.
P.s. se usi come non marcato un numero negativo e come marcatore l'indice nell'altro vettore puoi anche controllare le posizioni relative:
alla fine avrai
usati[i] < 0 diverso
usati[i] == i uguale in posizione uguale
altrimenti uguale in posizione diversa, usati1[i] ti dice la posizione nell'altro vettore e lo stesso fa rispettivamente usati2[i]
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