Sto lavorando ad un effetto a scomparsa di una top bar/header.
Puoi specificare meglio di che tipo di effetto si tratta?
Puoi postare un link all'eventuale pagina pubblica in cui vedere la tua realizzazione?

Nel caso l'effetto sia dato all'hover di un qualche elemento, puoi pensare di realizzarlo solo con CSS, senza JavaScript, e gestire quindi tutto da CSS.

Da premettere che CSS non è un vero e proprio linguaggio di programmazione (cioè, non esiste una gestione di eventi), ad ogni modo esistono anche delle tecniche per "simulare", ad esempio, un evento click. Nel caso, puoi dare uno sguardo tra i link utili capitolo 8 (ci sono diversi riferimenti sull'argomento, sotto Hover, active, checked...). Resta comunque chiaro che finché si tratta di un effetto attivato all'hover, puoi andare tranquillamente di CSS, diversamente bisogna capire meglio cosa conviene fare.

"Condizionare" lo script al matchmedia è una soluzione, ma volevo evitare di avere "più punti di controllo" della viewport (uno già nel CSS).
Capisco, ma personalmente non vedo troppe alternative.