Per schemi differenti cosa intendi esattamente? Il database è 1 di solito su WP e di tabelle puoi averne quante ne vuoi.
Se hai un DB a parte da usare allora devi connetterti sull'altro db ma va gestita la connessione. Non so quanto sia fattibile o sicuramente dovrai fare attenzione per switchare fra un db e l'altro per far si che tutto continui a funzionare.

Se questo è il caso tuo qui ne parlavano ad esempio