Impossibile trovare il file specificato (xml)

[andbin]

   Document document = builder.parse(new File("rubrica.xml"));

Scritto così, senza path relativo o assoluto, è relativo direttamente alla directory "corrente". Quindi NON conta tanto che il file xml sia in un certo package, ma conta che quando viene avviata la applicazione la "working" directory sia esattamente quella directory che contiene il file.
Stai usando Eclipse, vai a vedere la Run Configuration (menù Run -> Run Configurations...) usata per lanciare la applicazione, scheda Arguments.

Se hai il (*) Default che nel tuo caso dovrebbe essere ${workspace_loc:prova} vuol dire che la working directory è quella del progetto (che si chiama prova, per coincidenza). Ma se il xml l'hai messo nello stesso package della classe, allora è sotto src/prova e quindi NON è, ovviamente, la stessa cosa.

Quindi: o cambi la working directory o sposti il file.