Da quel che so, un <div> con questo attributo di non-visualizzazione, dovrebbe essere sostanzialmente invisibile, "come se non ci fosse".
Pertanto il suo "ingombro" viene totalmente azzerato?
Esatto, l'elemento dovrebbe risultare totalmente assente dal rendering della pagina, come se non esistesse.
Noto che browser diversi (ma recenti) reagiscono in modo diverso... possibile che alcuni mantengano spazi bianchi (come se i margin del div fossero ancora considerati)?
Non mi risulta che restino attivi i margini o qualche altra proprietà relativa all'ingombro dell'elemento con display:none.
Sono più propenso a pensare che il problema sia da cercare altrove, magari qualche proprietà degli elementi adiacenti a quello "nascosto", o qualche elemento stesso che crea in qualche modo quello spazio che vedi.

A quel punto è possibile che il comportamento sia differente su diversi browser.

Senza vedere la pagina in esecuzione e/o il CSS esatto (dell'elemento in questione e di tutti gli altri nell'intero scenario) è difficile capire da cosa possa dipendere.

Puoi postare un link all'eventuale pagina pubblica?