[Java] Esecuzione da terminale di progetti creati con Eclipse

[andbin]

C:\Users\nome utente\Desktop\workspace\networking\src\server>jav ac Server

Se fai javac stando lì sotto la "src" i .class vengono generati lì sotto ... non nella "bin". (dovresti usare l'opzione -d per specificare dove mettere i class generati).
E in ogni caso, dovresti stare come directory corrente nella "src", non nella "server".

2. Ho provato a specificare anche il package dando il comando "java server.Server" ma non sono riuscito a risolvere

Se ci sono di mezzo i package, ovvero il nome completamente qualificato della classe Server è server.Server, bisogna prestare un po' più di attenzione.
Innanzitutto, in generale, quella directory "bin" deve essere "in classpath". Se non hai la variabile di ambiente CLASSPATH, il default è che la directory "corrente" È in classpath.

Quindi basta stare come directory corrente nella "bin" e a quel punto:

java server.Server


P.S. da quanto dici, deduco che devi ancora comprendere meglio package, classpath e il nesso tra i due.