Fammi capire: testato su desktop (sia con ff, chrome e ie) con strumenti di simulazione del device, le mediaquery, e tutti i relativi breakpoint, funzionano tutti correttamente, con entrambi gli orientamenti dello schermo?
È un problema che si manifesta SOLO su device mobile? Hai provato device con diverso browser?
Si tratta di un sito statico o dinamico? Hai attivi script che modificano il DOM? Hai provato a disabilitarli?

Considerazione banale a margine: indipendentemente dalla risoluzione dello schermo del dispositivo mobile, un po' di spazio se lo prendono anche gli strumenti di navigazione del browser.