Ciao, potresti usare il metodo change() e toggleClass() impostando la condizione sul secondo parametro.
Un esempio:
codice:
<!DOCTYPE HTML>
<html>
  <head>
    <title>Esempio</title>
    <meta charset="utf-8">
    <script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.min.js"></script>
    <style type="text/css">
      .hidden{
                opacity: .5;
                background: grey;
            }
    </style>
    <script type="text/javascript">
      $(function(){
        $("#prova").change(function(){
                    var val = this.value;
                    $(this).toggleClass("hidden",!(val == "1" || val == "2"));
                }).change();
      })
    </script>
  </head>
  <body>
        <select class="form-control hidden" id="prova" required>
            <option selected  label="- Scegli -"></option>
            <option value="1">prova 1</option>
            <option value="2">prova 2</option>
            <option value="3">prova 3</option>
        </select>
  </body>
</html>
In alternativa puoi comunque usare addClass() e removeClass() dentro una semplice condizione if else.