Ok, ho risolto.
Posto la soluzione nel caso altri avrebbero un problema simile.

Se si vuole usare Spyder in questo modo è necessario impostare l'ide in modo tale che esegua lo script in una nuova consolle a ogni RUN.
Per farlo
Tool -> Preferences -> Run -> [consolle] Execute in a external System terminal

Per il tipo di errore di cui si tratta, è possibile che funzioni anche selezionando la voce Execute in a new dedicated Python consolle, tuttavia per qualche motivo mi crasha e quindi si arriva (impedendomi di fatto di testare se funziona dato che volevo proprio evitare il riavvio) pertanto non posso esserne sicuro al 100%.