Innanzitutto è un normale Java Project, giusto? Cioè NON è basato su Maven.
Non va bene, detto in generale, mettere nel progetto delle cartelle così a caso come "config" fuori dalla src. Eclipse non ne "sa" nulla. Dovresti andare nella configurazione del Java Build Path e dire ad Eclipse che anche la "config" fa parte del build path. Altrimenti ripeto, Eclipse non ne sa nulla e tra l'altro nulla di ciò che c'è nella config finirebbe mai in un jar creato da Eclipse.
Quindi meglio fare es.:
codice:src/ org/ massimo/ config/ utenteuser.hbm.xml
e poi nella configurazione:
<mapping resource="org/massimo/config/utenteuser.hbm.xml"/>