non capisco cosa intendi quando dici che "sono su due colonne diverse ma entrambi nella stessa colonna" comunque se il file csv è come lo hai descritto nell'esempi, ovvero:

id,km
1,100
2,50.22

la cosa è abbastanza facile, da phpMyAdmin fai l'importazione csv indicando come carattere separatore la virgola e sei apposto.