Innanzitutto per fare un test valido (valido solamente per la zona/città da dove ti connetti) bisogna cancellare tutti i cookie sul browser prima di fare ogni nuova ricerca.
Poi se la differenza è così grande, è probabile che Google abbia penalizzato il sito forse per un eccesso di link building che invece non è stato (ancora) rivelato dagli altri motori di ricerca. Le penalizzazioni possono durare anche a lungo e perciò non esistono soluzioni facili e rapide.