Ciao, concordo, flash è ormai in disuso da un po' di tempo; continua a sussistere in contesti ristretti, come i portali videoludici ma è praticamente sparito dalla panoramica del web design), è stato soppiantato, appunto, dalle "nuove" (ormai non più tanto) caratteristiche che fanno parte del corredo standard di HTML5 e CSS3. Tra queste, i canvas (tecnologia usata su quel sito) con cui è possibile "disegnare" attraverso l'uso di JavaScript.

Per lo sviluppo di ambienti 3D esistono librerie, estensioni, plugin, ecc. che facilitano il lavoro. Intanto puoi dare uno sguardo a qualche guida come questa su html.it.