if è un'istruzione non un ciclo.
charAt() restituisce un valore di tipo char (primitivo), che non è un oggetto e, di conseguenza, non possiede alcun metodo... quindi non ha nessun equals(). I tipi primitivi si confrontano con ==

codice:
char carattere = ...;
if (carattere == 'A') {
   ...
}

Ciao.