Non puoi cambiare il valore di una variabile PHP che sta su una pagina visualizzata, perché quando la pagina è sul browser PHP non esiste più, quindi quella che era una variabile, ora è un carattere, nel tuo caso il carattere 3 (se hai stampato $i) oppure non c'è proprio (se non l'hai stampata).

Con AJAX puoi chiamare uno script che sta sul server e che farà un qualcosa, ma non puoi fare ciò che chiedi.