Ciao, solitamente nel router si definiscono le "rotte" della varie sezioni e tutte le parti di template dovrebbero essere richiamabili come fossero variabili da inserire all'occorrenza.
QUI per esempio (Zend Framework) mostra come in un template vai ad usare delle variabili (es.: {$book} ) all'interno di altri template.
Quindi dovresti avere per esempio in homeController.php anche le classi o quel che serve per richiamare le parti opzionali(sidebar, navbar....) . A questo punto settare se il caso delle variabili che potrai inlcuidere o meno nel file mostrato col require_once().