Vedo un ciclo for annidato. Facendo un tracciato di quello che succede nel tuo codice:
codice:1) Inserisco 123456789 2) Ciclo for esterno (int i ...) => assegno a int carattere il valore 1; 3) Ciclo for annidato (int k ...) k=0 --> frequenza[1]++; // => frequenza[1] = 1; k=1 --> frequenza[1]++; // => frequenza[1] = 2; .... k = 9 --> frequenza[1]++; => frequenza[1] = 10; esco dal ciclo for annidato