Nella "bin" del JDK è bene (detto in generale) che non metti nulla di tuo o extra.
I jar si deve fare in modo che siano "in classpath" e qui però devi sapere cosa è e come impostarlo ...
Dipende anche da come stai facendo il build/avvio della applicazione, se "a mano" con i tools del JDK (javac/java) o da un IDE e quale.