Ciao, potrebbe dipendere se usi questo (presumo) confirm su un tag o su di una form.
Nel primo caso se gestisci la cosa lato javascript basta che in caso di seleziona Annula, stopperai il tutto con per un return false.
codice:
if(!confirm(('Continuare?')){
  return false;
}
Nel secondo caso se fosse legato ad una form, probabilmente esegui un submit che continua comunque.
In questo caso dovresti usare non più l'evento sul click del tag ma sull'evento del sumbit della form stessa
codice:
<form onSubmit="miafunzione()" ......>

function miafunzione(){
  if(!confirm(('Continuare?')){
  return false;
}
}
o direttamente nel tag come nell'esempio 3