Se vuoi far uscire quando l'utente ha inserito un id 0, basta appunto

if (id == 0)

(nota: 000 è una costante ottale che vale comunque 0, non c'è differenza).

Se vuoi verificare che nessun Impiegato nella listaImpiegati abbia quel id allora:
- ciclo sulla lista
- per ciascun oggetto Impiegato, get del suo id e confronto con quello inserito.


Tutto questo meglio magari in un metodo apposito. E meglio ancora se il design della tua classe fosse quello di non fare "tutto" nel main ma di usare una istanza di ImpiegatoMain in modo da tenere la lista di impiegati come "stato" dell'oggetto.