Problema con MyBatis e file di configurazione

[andbin]

        String myBatisConfig = "/run/media/matte/MATTE8/Project/JAVA/TestMaven/src/main/java/com/mp/testmaven/mybatis-config.xml";

Innanzitutto non ha senso che metti "cablato" nel sorgente tutto un path che è specifico solo della tua macchina (che tra l'altro non funziona di certo con quel getResourceAsReader).
Poi comunque stai usando Maven, quindi file di configurazione, dati, immagini ecc.. che "fanno parte" fissa della applicazione andrebbero messi sotto src/main/resources .... non sotto src/main/java.

Quello che c'è sotto resources è poi "in classpath" a runtime. Quindi con getResourceAsReader a quel punto basta:

String myBatisConfig = "com/mp/testmaven/mybatis-config.xml";