Ciao, per quanto ne so io, non è un problema PHP, bensì devi valutare il contenuto del messaggio.
Per esempio se inserisci parecchie immagini col del testo in una struttura HTML c'è probabilità almeno in gmail di finire nella sezione Promozioni (come succede a me ), se inserisci poco testo senza immagini e utilizzi una mail molto particolare potresti essere identificato come spam, in oltre dovresti controllare che la mail che utilizzi non sia stata segnalata tra quelle che spammano perciò essere finito in qualche black list...
Insomma le variabili da considerare sono tante per quanto riguarda le mail... Io so che generalmente per evitare alcuni utilizzano framework come MailChimp per mandare e-mail ma non ne so molto...
Comunque attendi altre risposte per maggiore sicurezza magari

Notteee