Ho modificato l'estrazione e adesso funziona alla grande!
Ma immagino si possa migliorare
Grazie Andbin!

codice:
        System.out.println("**********ESTRAZIONE********** ");


//primo
        primo=estrai.nextInt(totaleUtenti);
        System.out.println(" il primo premio va a " +utenti.get(primo).toString());
        utenti.remove(utenti.get(primo));


        System.out.println("UTENTI RIMASTI");
        for(int i=0;i<utenti.size();i++)
        {
            System.out.println(utenti.get(i).toString());
        }    
        System.out.println(" ");    
//secondo    
        secondo=estrai.nextInt(totaleUtenti-1);
        System.out.println(" il secondo premio va a " +utenti.get(secondo).toString());
        utenti.remove(utenti.get(secondo));


        System.out.println("UTENTI RIMASTI");
        for(int i=0;i<utenti.size();i++)
        {
            System.out.println(utenti.get(i).toString());
        }
        System.out.println(" ");
//terzo
        terzo=estrai.nextInt(totaleUtenti-2);
        System.out.println(" il terzo premio va a " +utenti.get(terzo).toString());
        utenti.remove(utenti.get(terzo));


        System.out.println("UTENTI che non vincono NULLA");
        for(int i=0;i<utenti.size();i++)
        {
            System.out.println(utenti.get(i).toString());
        }
    }
}