Iniziamo a capire se è un problema di jEdit oppure del sistema. jEdit salva tutti i suoi settings in una directory .jedit sotto la "home" directory del tuo utente (su Windows qualcosa tipo C:\Users\nomeutente ).
Rinomina quella .jedit (giusto per non perderla) oppure se riesci, lancia jEdit con l'opzione -nosettings
Se il problema permane, al 99,9% NON è colpa di jEdit (o dei suoi settings).
Vedi: http://www.jedit.org/users-guide/set...directory.html