ecco. ultima riga prima della chiusura di ?>
i due file inclusi all'inizio contengono solo funzioni php.
dopo ?> inizia il codice HTML della pagina, che dovrebbe a questo punto essere dentro il <body>. in fondo alla pagina c'è la funzione footer() che, come per header(), richiama il footer con la chiusura dei tag </body> e </html>
Comunque lo fa in ogni pagina in cui uso questo metodo

codice:
<?php

include '../functions/functions_general.php';
include 'functions/functions_GEN.php';

check_manutenzione();
$con=Connection();

$options_corso="<option value='' selected>Scegli..</option>";
$corsiAperti = mysqli_fetch_array(mysqli_query($con, "..."));

if(!$corsiAperti){
  header("Corsi", 1);
  $message = "Non abbiamo corsi disponibili al momento.";
  GEN_message("index.php", $message, "Home");
  GEN_footer();
  exit;
}

$res=mysqli_query($con, "...");
while($corso=mysqli_fetch_array($res)){
    $length=count($res);
    for($n=0;$n<$length;$n++){
        $options_corso.="<option value='$corso[$n]'>$corso[$n]</option>";
    }
}

header("Scegli Corso", 1);
?>