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scusami ma come posso essere più chiaro oltre averti postato il ltesto dell'esercizio e quel che pensavo di fare?
Sì sì, non ho avuto tempo di rileggere tutta la discussione.

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la i serve per scorrere il contatore perché, per l'appunto, devo fare un cifrario che associa ad ogni lettera dell'array alfabeto una lettera data dal tasto che premo

char[] alfabeto = "abcdefgefghilmnopqrstuvz";

se io premo in sequenza i tasti QRTU, dovrà comparire:

a --> Q
b --> R
c --> T
d --> U
Sì, ok, questo mi è chiaro, come concetto. Quello che non ho capito (dal codice che hai postato finora) è COME intendi mantenere questa mappatura in memoria in modo che poi successivamente possa essere applicata effettivamente per cifrare qualcosa.

Scrivere qualcosa in un JTextArea va bene, naturalmente, ai fini dell'utente. Ma serve anche altro per mantenere poi questa mappatura.

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ho capito ma come lo faccio nel pratico? Sto imparando java quindi magari mi sfugge qualche comando ad hoc che lo faccia...
al momento non ho trovato nessun modo per nascondere solo il bottone.
JButton pulsanteAzionato = (JButton) e.getSource();

Il (JButton) è un "cast".