Sì ma così è abbastanza "brutto". Iteri tutti i componenti di un "contenitore", devi testare il tipo e fare un cast.
Le alternative SICURAMENTE ci sono, migliori. Non ho purtroppo una visione completa sul tuo codice. Devi tenere un array/lista di quei JCheckBox, che siano ovviamente esattamente quelli che poi aggiungi fisicamente in un contenitore.
A quel punto ... non vedo perché non debba funzionare! E se non ti funziona ... allora c'è dell'altro che non ho idea ora.
Inoltre il tuo codice è un pochino confuso, perché non segui le convenzioni standard: i nomi di variabili dovrebbero avere la iniziale minuscola.