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ho scelto un layout Free Design perché quelli che ho provato vincolavano la disposizione degli elementi swing...
Sì, i vari layout manager hanno ciascuno caratteristiche e vincoli peculiari. Ma sono proprio queste peculiarità che vanno sfruttate (e tipicamente "inscatolando" insieme più contenitori con layout manager differenti) per realizzare interfacce grafiche più flessibili.

La tua interfaccia non si può adattare facilmente a Look&Feel differenti, non è di per sé ridimensionabile (servirebbe molto più codice "a mano") e inoltre la manutenzione sul codice è sicuramente più difficile/impossibile (non oso ... non voglio immaginare il codice generato dal IDE ...).
E se andiamo un pelino oltre, a livello object-oriented, è bene dire che se hai pannelli distinti per le varie "schede" del tabbed pane, sarebbe buono definire ciascun pannello proprio come classe separata, ben incapsulata e (magari, se dovesse servire) facilmente riutilizzabile. Invece il tuo IDE probabilmente ha fatto una unica mega-classe in cui ha messo tutto quanto dentro. E questo perché a livello di queste scelte di "design" object-oriented un editor "visuale" non solo NON ti aiuta affatto ma probabilmente ti mette solo i classici bastoni tra le ruote.

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Qui c'è una schermata che dovrebbe riassumere il problema.
http://studiotecnico75.altervista.or..._JTextArea.jpg

Per quanto riguarda il codice, è lunghetto cosa serve sapere? Subito posso dirti che la JTextArea ha come Accessible Parent il jScrollPane, il quale ha il jPanel1 che a sua volta ha l'unico JTabbedPane presente nel JFrame.
Senza vedere il codice non ne so molto più di prima ..... mi verrebbe solo un dubbio: non è che a runtime il JTextArea viene spostato di "parente"?? Se sì, il problema è quello.