Dovresti semplicemente assicurarti che il codice di monitoraggio venga inserito anche nella versione HTTPS. Se questo è inserito, ritengo che il calo di visite sia reale e non dovuto a un mancato tracciamento.

Aggiungo che l'impostazione corretta lato SEO prevede un redirect da HTTP a HTTPS pagina per pagina, quindi i visitatori non dovrebbero cominciare a navigare in HTTPS, bensì dovrebbero farlo solo in HTTPS.