Ciao,
Ho risolto in un modo abbastanza semplice, a quanto pare il problema non era Windows ma qualche microcontrollore sulla scheda madre, che trattava ancora l'hdd come un lettore dvd.
Ho risolto invertendoli e mettendo la SSD nella baia del DVD, ora infatti come sospettavo non c'è più quel fastidioso lag e ovviamente la ssd non risente del problema accendi/spegni.
Grazie a tutti, spero questa soluzione possa essere utile a qualcun'altro.
Ciao