Intendi Java o Javascript? Mi sembra di capire che stai usando un plugin di jQuery. Il motore non legge facilmente contenuto inserito tramite script con chiamare asincrone (leggi AJAX). In ogni caso le pagine risultato di ricerca non sono certo quelle più adatte a essere indicizzate, se il tuo sito ha già delle pagine correttamente indicizzabili con tutto il contenuto necessario, non mi sembra un grande problema.