Puoi fare un'analisi lineare, ti bastano un paio di variabili:
codice:
double somma;
double promossi;
E nel loop:
codice:
if(voto!=0) {
  promossi += 1;
  somma += voto;
}
Alla fine: media sarà uguale a somma/promossi e percentuale a promossi/N