Ciao,
Si infatti essendoci quello di default l'oggetto viene istanziato ma tutti gli oggetti che hai dichiarato sono nulli. private String dir;
private Scanner s;
private Stanza[] usciteStanza;
private String Descrizione;
private Boolean[] usciteChiuse;
private Porta porta;
private String[] porteChiuse;
private Boolean statoPorta;

Inoltre perché dichiari Scanner s, se poi lo dichiari nuovamente all'interno del metodo?
codice:
  public Scanner getDirezione(){
        System.out.println("Dove vorresti muoverti?");
        Scanner s = new Scanner(System.in);
        return s;
    }
Sai che sono due oggetti diversi e con due diversi scope?

Non voglio essere critico, ma forse e' meglio che studi ancora un po prima di buttarsi in questi programmi un po' complicati, perche' bisogna avere un background abbastanza completo per affrontare problemi un po' più seri.