i file non sono cose da immagazzinare nel DB, non ci trovo molto senso.. e in questo senso questa discussione dovrebbe essere spostata in PHP.
Nel merito, ci sono varie soluzioni:
Intanto se i file li uploadi tu o se lo fanno "altri" puoi essere più "smart", cioè mettere meno controlli
Quello che ti consiglio io è di creare una cartella documenti.
ti crei un upload di un file.
rinomini il file dandogli come "nuovo nome" l'id del cliente, lo puoi recuperare facilmente, oppure lasciandogli il nome originale ma poi devi stare attento che se ne uppi un altro non lo sovrascriva.
una volta uppato il file, nello script fai una UPDATE della tabella se hai deciso di lasciare il nome del file originale.
Nel caso tu invece abbia deciso di usare l'id del cliente e il file si chiama che sò, 3.pdf, quando lo vai a richiamare dovrai solo prendere la variabile $id_cliente e aggiungerci .pdf per averlo disponibile