Ciao, non serve fare un find dentro l'each, ti basterebbe specificare meglio il selettore jQuery Per escludere determinati elementi puoi usare il :not(), analogamente ai selettori css.

Potrebbe essere una cosa del genere:
codice:
$("#mioProfilo > section > div:not(.hidden) .form-control").each(function(i,me){
  if($.trim(me.value)) $(me).css("box-shadow","none"); // campo pieno
  else $(me).css("box-shadow","0 0 3px 3px red"); // campo vuoto
});
Mi chiedo però, se devi fare una validazione, quindi controllare che i campi non siano vuoti, non sarebbe più opportuno usare l'attributo "required" HTML?