io uso autoprefixer come gemma ruby con middleman. Nel mio caso lo configuro con la lista dei browser da coprire nel config.rb e lui aggiunge le regole con vendor quando compilo i file SASS.
Forse nel tuo caso non hai configurato correttamente la lista dei browser (non hai comunque specificato quale versione di explorer ti dà problemi, ad esempio andando a memoria IE10 ha un bug sul flex-basis)
I flexbox sono di certo un'ottima soluzione per semplificare layout complessi laddove non sono a disposizione soluzioni diverse altrettanto efficaci. Sono uno strumento in più, non l'unico strumento da preferire sempre e comunque.
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