Non è che ti capiteranno così tanti casi di chiavi già esistenti, uniqid() di base ti ritorna un codice di 13 caratteri, se metti a true il parametro $more_entropy te ne ritorna uno da 23 (miliardi e miliardi di combinazioni).
Secondo me non ti conviene generare l'array, rischi di sprecare più memoria per tenere l'array in una variabile che le risorse spese per fare 2 o 3 query.

L'unica cosa a cui devi stare attento con uniqid() è che ti genera un codice in cui ci sono lettere, numeri ed un punto, quindi il campo del codice deve essere un varchar, non usare un campo numerico.