Se parliamo della creazione di un file da PHP allora ovviamente sarà creato prima della fine del lavoro di PHP. Ma se parliamo dell'esecuzione del codice presente nel file allora lo sarà dopo della fine del PHP.

Comunque non capisco il concetto di creazione di un file js da PHP. A che cosa serve ? Normalmente si usa un file .js per approffittare delle funzioni che contiene. Se lo crei ogni volta che un utente richiama il tuo script PHP come puoi essere sicuro che il browser di un untente non caricherà un file che non sarà completo perché in uso dallo script eseguito da un altro utente ?