Reinstallare windows non dovrebbe invalidare la garanzia sull'hardware, ma potrebbe creare qualche appiglio per l'assistenza.
Per quanto riguarda l'installazione, raramente tengo i portatili come sono, la prima cosa che faccio piallo tutto l'hd (compresa la partizione di ripristino), crei le partizioni comne pare a me e poi reinstallo tutto con una installazione pulita.
Per fare questo naturalmente ti serve il seriale di windows e la disponibilità di tutti i driver di sistema necessari.
Fatto questo i dischi di ripristino non funzioneranno più e ne devi creare dei nuovi con la nuova installazione, cosa anche migliore.