Ho risolto, il problema era dovuto al fatto che senza specificare la visualizzazione del registro, come visualizzazione veniva utilizzata automaticamente quella a 32bit, quindi in pratica venivo deviato nella sottochiave "Wow6432Node" e tutte le sottochiavi e i valori che rilevavo da programma si trovavano in quella sottochiave e non dove credevo io.

Ho modificato il codice in questo modo e adesso funziona:
codice:
        Dim ChiaveX64, SubChiave As RegistryKey


        ChiaveX64 = RegistryKey.OpenBaseKey(RegistryHive.LocalMachine, RegistryView.Registry64)


        SubChiave = ChiaveX64.OpenSubKey("SOFTWARE\Microsoft\Windows\Windows Error Reporting", True)
        'Controllo se esiste la sottochiave nel registro di sistema.
        If SubChiave Is Nothing Then
            
        Else
            'Controllo lo stato del valore della sottochiave.
            Dim Valore = SubChiave.GetValue("EnableZip", "NotExist")
        End If