Usare eval() è sconsigliato tranne che in casi MOLTO particolari.
Allora, questo:
$is = 'isset($uno) && isset($due)';

se fai
echo $is;

avrai
isset($uno) && isset($due)
non
isset(ciao) && isset(ciao)
le 2 variabili non vengono valutate, quindi $uno e $due sono a tutti gli effetti 2 stringhe e sono sempre definite.

Per far sì che le due variabili vengano riconosciute come variabili, dovrai usare i doppi apici, quindi così
$is = "isset($uno) && isset($due)";

ma in questo caso se una delle due variabili non è definita avrai un errore, per esempio se commenti la riga dove si trova $due ti salterà fuori
Notice: Undefined variable: due in C:\xampp\htdocs\prova.php on line 4

come ti muovi ti incarti.

Se vuoi un'alternativa devi spiegare per bene cosa devi fare.