la seconda condizionale, sovrascrive il testo della prima, ricevo eve,
Dal tuo esempio non vedo questo risultato.

vorrei selezionare giornata e breve e trasformarlo in grassetto con strong
Ad ogni modo, se il tuo intento è quello di selezionare le voci 1 e 4 di quell'array, puoi basarti direttamente sull'indice delle voci (variabile x del tuo ciclo) e verificare la corrispondenza direttamente in un'unica condizione. Questo in linea di massima.

Personalmente, per semplificare, utilizzerei il metodo map() in questo modo:
codice:
var elemento = document.querySelector('#frase');
elemento.innerHTML = elemento.innerHTML.split(/\s/).map(function(val, id, arr){
  return (id == 1 || id == 4) ? '<strong>'+val+'</strong>' : val;
}).join(' ');
Chiaramente, come sempre, lo si può fare in vari altri modi.